A Igreja Matriz de Portimão foi fundada em 1476, por iniciativa de Gonçalo Vaz de Castello Branco, agraciado como 1º Senhor da Vila Nova de Portimão por D. Afonso V. As primeiras construções deste monumento têm um registo Gótico, mas por desfortuna do terramoto de 1755 que derrocou grande parte da Igreja, apenas restam alguns elementos dessa primeira construção (pórtico, duas pias de água benta, duas janelas seteiras e óculo do tardoz da capela mor). À data da sagração, era constituída por três naves e os arcos que as dividiam estavam assentes em dez colunas de pedra. A sua reconstrução demorou mais de cinquenta anos. O serviço paroquial passou para a Igreja do Corpo Santo, enquanto se reerguia o templo, agora em estilo barroco. Em 1786, ainda com as obras muito atrasadas, reabriu ao culto. Em 1795, para que as obras vissem conclusão, José Caetano Soromenho da Trindade requereu a D. Maria I que mandasse aplicar nas obras os sobejos de alguns imposto. É certo que mesmo assim as obras continuaram por terminar e, em 1802, o Príncipe Regente D. João concedeu a mesma graça de D. Maria I. Em 1803, o Conde Monteiro-Mor, general do Reino do Algarve, concedeu que se aplicassem na construção da Igreja as cantarias da Porta da Serra e outras partes da muralha. O entalhador Manuel Francisco Xavier de Faro executou, em nogueira, o retábulo da Capela Mor. Como as obras não estava de acordo com o que se pretendia, em meados do séc XIX foi executado um último restauro, a expensas de Luís António Maravilhas (sepultado da cripta da Igreja) que fez da Matriz de Portimão uma das mais majestosas do Algarve.
No ano de 1969 deu-se outro abalo de terra e o edifício voltou a ficar algo danificado, tendo vindo a ser restaurado em 1972. Já na década de 90, o padre José Fernandes Águas procedeu ao restauro do retábulo da Capela-mor. Em 1997, foi adquirido um carrilhão de nove sinos. Em 2010, com o telhado e o forro em avançado estado de degradação, assim como as madeiras e as paredes do Templo, o Padre Mário José Rodrigues de Sousa encetou obras de restauro profundo, no valor de quase um milhão de euros.
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